Prestasinya membuat Kompol Novel diminta menjadi penyidik di KPK. Ia beberapa kali aktif terlihat dalam menangkap tersangka Muhammad Nazaruddin, Nunun Nurbaeti dan buronan KPK lainnya.
Meski bukan termasuk dalam 20 nama penyidik yang ditarik Polri, Novel adalah salah seorang penyidik yang menyatakan memilih menjadi pegawai KPK dan niat itu dikabulkan KPK. Dia sudah menjadi pegawai tetap KPK
Sepak terjang Novel yang gigih bekerja membongkar kasus korupsi di bawah naungan KPK, diduga kuat mengapa ia menjadi korban kriminalisasi. Novel yang terakhir berpangkat Kompol itu berani membongkar korupsi di institusi Polri. Untuk kali pertama, seorang perwira aktif diproses hukum karena kasus korupsi.
Polisi menuduh Kompol Novel terlibat dalam kasus penembakan enam orang tersangka dalam kasus pencurian sarang burung walet pada 2004. Tuduhan yang sejak awal telah dibantah Kompol Novel.
Hal senada diungkapkan saudara sepupu Novel, Anies Baswedan. Rektor Universitas Paramadina tersebut merasa ada keanehan atas kasus penangkapan Novel. Menurutnya, penangkapan dilakukan secara tiba-tiba dan dipaksakan. "Kok mendadak ya? Kenapa jadi aneh? Kenapa muncul ketika ada kasus korupsi lalu lintas itu," ujarnya saat ditemui terpisah di halaman gedung Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK), Jalan Rasuna Said, Jakarta Selatan, dinihari tadi.
Dalam konferensi pers sebelumnya, Wakil Ketua KPK Bambang Widjojanto, mengatakan, kasus Novel, sudah selesai tahun 2004. Novel tidak berada di lokasi kejadian dan tidak melakukan penembakan seperti yang dituduhkan kepadanya